根据上述职责，县科协机关设置2个内设机构：

（一）办公室。负责文电、会务、机要和档案等机关日常运转工作；负责信息、保密、安全和信访工作；负责机关行政、后勤及机关党务、机构编制、组织人事工作；负责对科协网站、论坛（报告会）等阵地的意识形态管理工作；负责统筹科协系统干部培训工作；负责有关学会党建、专（兼）职干部培训工作；负责组织科技工作者赴县境外培训及交流等工作。

（二）综合部（全民科学素质纲要实施工作办公室）。负责县科协事业发展规划、基本建设计划编制；负责全民科学素质纲要实施工作办公室日常工作；负责科协系统组织建设；负责县科协代表大会代表、委员会、常务委员会的联络服务工作；负责统筹科协系统人才服务工作，负责做好专家和其他科技工作者的联系、服务工作，举荐优秀科技工作者，维护科技工作者合法权益；负责科协系统统战工作，负责科协界别委员联络服务工作；负责县科协所主管的学会的监督管理和服务工作；负责指导有关学会开展各项业务工作；负责有关学会学术类期刊的业务指导和管理工作；负责综合性重点学术交流活动；负责企事业单位及其他社会组织的科协组织建设、服务与业务指导工作；指导乡镇（街道）、园区、企事业科协和农村专业技术协会工作；负责统筹、指导科协系统科学技术普及工作；负责重大科普活动、重点科普项目的组织协调工作；指导科协系统科普队伍、科普场所与阵地的规划建设工作；负责青少年科技工作。承担全民科学素质纲要实施工作办公室日常工作。